Khi Nam Tư tan rã, Haradinaj bị Tòa án Hình sự Quốc tế cho Nam Tư cũ cáo buộc với các tội ác chiến tranh và tội ác chống lại loài người. Các công tố viên đã cáo buộc những người này cùng tham gia thực hiện một vụ bắt cóc và tra tấn 16 thường dân và cuối cùng là giết chết 8 người trong số họ trong cuộc chiến ở Kosovo cuối những năm 1990. Ông đã được xử trắng án vào ngày 3 tháng 4 năm 2008.[2] Sự kháng cáo truy tố năm 2010, dựa vào sự đe dọa nhiều nhân chứng, đã dẫn đến việc xét xử một phần ở Den Haag, Hà Lan.[3]

Trong suốt quá trình xét xử đầy đủ và quá trình xét xử chung thẩm, 19 người có khả năng là nhân chứng đã chết trong các trường hợp ẩn.[4] Tòa án quốc tế cho rằng nhiều tội danh được mô tả bởi các công tố viên đã xảy ra, nhưng kết luận rằng cáo trạng truy tố đã không được cung cấp đầy đủ "bằng chứng trực tiếp" để chứng minh sự tham gia của Haradinaj.[5] Ngày 29 tháng 11 năm 2012, Tòa án quốc tế xét xử tội ác chiến tranh ở Nam Tư cũ ở Den Haag đã tuyên bố trắng án đối với Ramush Haradinaj và hai cộng sự của ông[5]